DockerでSingularityのImageをbuildする

dockerでsingularityのimage file (.sif) を作成したときのメモ書きです．

Motivation#

ローカルPCでsingularity buildしたい (docker image to singularity image) けど，ローカルPCの環境を汚したくない，という状況です．

Method#

まず，もととなるdocker imageを用意します．例えばこれをfoo:latestとします． 一般的な方法 (コンテナ内でsingularityをインストールし，そこからfoo:latestを変換する) でbuildしようとしても， コンテナ内からdocker imageを見ることができないため不可能です．

そこで，Docker out of Docker (DooD) という方法でbuildしていきます (実際にはコンテナからコンテナを操作しているわけではないので，この用語は適切でないかもしれません)． やり方としては簡単で，ホストのdocker.sockをマウントして実行することで，ホストのdocker imageをコンテナに共有することができます． 以下のようなshellscriptを作成し，保存します． 今回はquay.ioからimageを持ってきました．Tags を見ることで， 他のsingularityのバージョンなどに適宜変更できます．

# build_singularity.sh
docker run --rm -v "$PWD":/src/ -w="/src/" -v /var/run/docker.sock:/var/run/docker.sock quay.io/singularity/singularity:v3.7.2 build /src/${NAME}.sif docker-daemon://${IMAGE}

このshellscriptを次のように実行します．

IMAGE=foo:latest NAME=foo sh build_singularity.sh 

結果として，カレントディレクトリに${NAME}.sifが生成されます． あとはGPUサーバに上げるなりして使うことができます．

感想として，.sifファイルは.defファイルから作成するよりもdocker imageから作成する方が簡単でした (単に慣れの問題かもしれません). セキュリティの問題でremoteサーバでdockerが使えず，singularityが推奨されることが多いので， このように簡単にimageファイルが作成できるのはうれしいです．

追記（2021/07/28）#

公式のgithubレポジトリに同様のものを発見しました （https://github.com/singularityhub/docker2singularity） こっちのほうが使うときに楽でいいかもしれません